W latach 2005 – 2007 zmodernizowane zostały gospodarki wodno-ściekowe w Elektrociepłowni Gdańskiej i Elektrociepłowni Gdyńskiej Modernizacja gospodarki wodno – ściekowej przynosi korzysci zarówno dla Spółki jak i środowiska naturalnego, najważniejsze z nich to:

zmniejszenie ilości wody głębinowej pobieranej do celów technologicznych , w wyniku zainstalowania nowoczesnych instalacji produkcji wody do celów energetycznych
rezygnacja z odprowadzania ścieków do instalacji hydroodpopielania
maksymalne wtórne wykorzystanie wód odpadowych i oczyszczonych ścieków,
poprawa jakości zrzucanych ścieków poprzez wybudowanie węzła oczyszczania ścieków.